Bio-Rad伯樂CFX Opus96實時熒光定量PCR系統(tǒng)，您在選擇染料時需要了解該儀器的核心特性。核心結(jié)論：CFX Opus96是一款支持多種檢測通道的實時熒光定量PCR儀，因此它兼容市面上絕大多數(shù)常見的qPCR染料和探針。您可以根據(jù)實驗需求，從以下幾類染料中進(jìn)行選擇：

一、伯樂CFX Opus96實時熒光定量PCR儀通用型DNA結(jié)合染料

這類染料可以與任何雙鏈DNA分子結(jié)合并發(fā)出熒光，適用于大多數(shù)基礎(chǔ)的基因表達(dá)分析（RT-qPCR）和基因分型實驗

1、特點(diǎn)：

成本低： 按反應(yīng)次數(shù)計算，比探針法便宜很多。

使用簡便： 只需在設(shè)計引物時確保擴(kuò)增產(chǎn)物單一、特異即可。

通用性強(qiáng)： 一套染料可用于所有基因的檢測。

2、常見選擇：

SYBR Green I： 經(jīng)典、常用的qPCR染料，靈敏度高。

EvaGreen： 穩(wěn)定性比SYBR Green更好，在高濃度時抑制PCR效應(yīng)的程度更低，尤其適合進(jìn)行高分辨率熔解曲線分析。

BioRad自家的CFX Manager軟件中也預(yù)置了這些染料的檢測方案。

注意事項：

由于它會與所有雙鏈DNA（包括引物二聚體和非特異性擴(kuò)增產(chǎn)物）結(jié)合，因此對引物的特異性和PCR反應(yīng)條件要求較高。數(shù)據(jù)分析時，必須進(jìn)行熔解曲線分析，以確認(rèn)擴(kuò)增產(chǎn)物的單一性。

二、伯樂CFX Opus96實時熒光定量PCR序列特異性探針

這類染料通過一個與目標(biāo)序列特異性結(jié)合的寡核苷酸探針來發(fā)光，特異性高。

1、特點(diǎn)：

特異性強(qiáng)： 只有存在目標(biāo)序列時才會產(chǎn)生熒光信號，有效避免了引物二聚體等的干擾。

可進(jìn)行多重檢測： 使用不同熒光標(biāo)記的探針，可以在一個反應(yīng)管內(nèi)同時檢測多個靶基因。

成本較高： 需要為每個檢測靶點(diǎn)合成特定的探針。

2、常見選擇：

TaqMan 探針： 最主流的探針技術(shù)，CFX Opus96兼容。它采用FRET原理，探針一端標(biāo)記報告熒光基團(tuán)（如FAM, HEX, VIC, CY5等），另一端標(biāo)記淬滅基團(tuán)。

分子信標(biāo)： 另一種形式的探針，發(fā)夾結(jié)構(gòu)，特異性也很好。

FRET 探針： 使用兩條相鄰的探針，常用于羅氏LightCycler系統(tǒng)，但CFX Opus96同樣可以檢測。

關(guān)鍵點(diǎn)：

選擇探針法時，您需要確認(rèn)探針上所標(biāo)記的熒光基團(tuán)的激發(fā)/發(fā)射光譜是否在CFX Opus96的檢測通道內(nèi)。幸運(yùn)的是，CFX Opus96的濾光片組非常標(biāo)準(zhǔn)，支持FAM, HEX, VIC, ROX, Texas Red, CY5等常見熒光基團(tuán)。

3、其他新型染料

一些為特殊應(yīng)用開發(fā)的染料也可以在CFX Opus96上使用。

HRM染料： 如LCGreen、SYTO 9等，專門用于高分辨率熔解曲線分析，進(jìn)行SNP分型、突變掃描和甲基化分析。CFX Opus96是進(jìn)行HRM分析的優(yōu)秀平臺。

雙標(biāo)記探針： 除了TaqMan，還有許多其他廠商提供的類似原理的雙標(biāo)記探針。

三、總結(jié)與選擇建議

1、對于絕大多數(shù)常規(guī)實驗（如檢測某幾個基因的表達(dá)量）： 從 SYBR Green I 或 EvaGreen 開始。且CFX Opus96對其有支持。

2、當(dāng)實驗對特異性要求高，或者需要在一個孔里檢測多個基因時： 選擇 TaqMan 探針法。您可以從各大生物公司（如Thermo Fisher, IDT, 等）訂購針對您目標(biāo)基因的探針。

3、如果需要做SNP分型或突變檢測： 選擇 EvaGreen 或其他專用的 HRM染料，并利用CFX Opus96的HRM功能。