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伯樂(Bio-Rad)CFX Duet實時熒光定量PCR儀的性能驗證,通常包括以下幾個核心部分。這些驗證旨在確保儀器運行狀態良好,數據準確可靠,符合實驗室質量管理要求。驗證可以分為安裝/維修后的IQ/OQ驗證和日常/周期性性能監控兩部分。
一、伯樂CFX Duet實時熒光定量PCR儀安裝/運行確認
這部分通常由工程師執行,并提供報告,但用戶需知曉內容。
1、安裝確認:檢查儀器部件是否齊全、安裝環境(電源、空間、溫濕度)是否符合要求、軟件安裝等。
2、運行確認:通過運行一系列標準測試來驗證儀器的關鍵性能指標。
(1)光學檢測:使用熒光染料板(如ROX、FAM等)檢查所有激發/檢測通道是否正常工作,背景噪音是否在允許范圍內。
(2)溫度梯度驗證:
加熱/冷卻速率:驗證儀器升降溫速度是否符合規格。
溫度準確性與均一性:使用經校準的外部溫度探測儀(如Fluke溫度探頭)驗證儀器顯示溫度與實際溫度的偏差(準確性),以及樣品孔之間的溫度差異(均一性)。這是PCR結果可重復性的關鍵。
梯度功能驗證:如果驗證梯度PCR功能,需確認梯度設置溫度與實際溫度的一致性。
(3)硬件功能測試:檢查熱蓋壓力、lid加熱溫度準確性、軟件與硬件通訊等。
二、伯樂CFX Duet實時熒光定量PCR系統用戶日常/周期性性能驗證
這是實驗室用戶需要定期(如每季度、每半年或根據實驗室SOP)執行的核心驗證。
1、精密度(重復性)驗證
(1)目的:評估儀器在相同條件下多次運行的變異程度。
(2)方法:
使用已知濃度和序列的DNA/cDNA模板(通常是一個穩定表達的看家基因,如GAPDH),進行系列稀釋(如10倍梯度稀釋,覆蓋高、中、低濃度)。
將同一樣品(通常選擇中等濃度)加入到整塊板的多個復孔中(如至少8-10個復孔,或覆蓋板的不同區域)。運行標準的qPCR程序。
(3)可接受標準:
Ct值的標準差(SD)和變異系數(CV%):通常要求復孔間Ct值的CV < 1-2%(高濃度樣品應更小,如<0.5%)。
擴增曲線形狀應高度一致。
2、準確度與線性范圍驗證
(1)目的:驗證儀器檢測結果與真實值的一致性,以及在一個濃度范圍內響應的線性關系。
(2)方法:
使用上述制備的系列梯度稀釋模板(如5-6個數量級),每個濃度設3個復孔。
運行qPCR。
(3)可接受標準:
標準曲線的線性:計算標準曲線的決定系數(R2)。通常要求 R2 ≥ 0.990(理想情況 ≥ 0.998)。
擴增效率:根據標準曲線斜率計算,公式為 Efficiency (%) = [10^(-1/斜率) - 1] × 100%。可接受范圍通常為 90% - 110%(對應斜率 -3.58 到 -3.10)。效率接近100%表明儀器檢測準確。
3、靈敏度(檢測限)驗證
(1)目的:確認儀器能夠穩定檢測到的低模板量。
(2)方法:使用極低濃度的模板(接近預期的檢測下限)進行多次重復檢測(如20次重復)。
(3)可接受標準:檢測到陽性信號的重復數占總數的比例(檢出率)應達到預設要求(如 ≥95%)。同時,低濃度樣品的擴增曲線應清晰可辨,Ct值相對穩定。
4、通道間干擾驗證(針對多色檢測)
(1)目的:驗證多熒光通道同時檢測時,彼此之間是否存在光譜串擾。
(2)方法:
準備僅含單一熒光染料(如FAM、HEX/VIC、ROX/Cy5等)的樣品,分別用所有可能接收的通道進行檢測。
例如,將純FAM樣品在FAM通道(主要檢測通道)和HEX通道(可能串擾通道)下讀取信號。
(3)可接受標準:在非指定通道檢測到的信號(串擾)應低于主通道信號的某個百分比(例如 < 1%),或低于設定的閾值。
三、簡化版日常監控建議
1、制備一批分裝好的驗證用DNA和預混板,長期凍存。
2、定期(如每月)取出一份,在CFX Duet上運行。
3、只需評估關鍵參數:復孔Ct的CV%、標準曲線的R2和擴增效率、熔解曲線峰型。
4、與歷史數據或基線數據進行比較,監控儀器性能的長期漂移。
總結:伯樂CFX Duet qPCR儀的性能驗證是一個系統過程,核心在于精密度、準確度/線性、靈敏度和特異性。定期執行這些驗證是保證您的qPCR實驗結果科學、可靠的基礎。建議參考儀器用戶手冊并結合實驗室自身的質量控制程序(SOP) 來制定詳細的驗證方案和可接受標準。