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使用賽默飛Simpliamp梯度PCR儀進行實驗時所需的耗材和試劑。這是一套標準而完整的清單,您可以根據您的具體實驗方案進行選擇和調整。
一、賽默飛Simpliamp梯度PCR儀核心耗材
這些是直接放入PCR儀的消耗品。
1、PCR管或PCR板
(1)類型:必須使用透明、無裙邊或半裙邊的96孔PCR板或0.2ml單管/8聯管。Simpliamp的熱蓋是平板式設計,與平蓋的板/管才能緊密接觸,確保熱封效果。
(2)材質:推薦使用高質量、超薄壁的聚丙烯管/板,以確保熱傳導效率和溫度準確性。
(3)重要提示:切勿使用有高高凸起管蓋的PCR管(如某些品牌的單管),否則熱蓋無法壓緊,會導致反應體系蒸發和實驗失敗。
2、封板膜或管蓋
(1)對于PCR板:使用光學透明的粘性封板膜,確保密封嚴實,防止蒸發和交叉污染。
(2)對于單管/八聯管:確保管蓋蓋緊。八聯管通常有配套的平蓋。
二、賽默飛Simpliamp梯度PCR儀核心試劑
這些是構成PCR反應體系的化學成分。
1、PCR主混合物
(1)預混液:常用且方便的是 2× PCR Master Mix。它已經包含了Taq DNA聚合酶、dNTPs、MgCl?以及優化的緩沖液。您只需加入模板、引物和水即可。賽默飛自家的 Platinum™ SuperFi™ PCR Master Mix 或 DreamTaq™ Hot Start PCR Master Mix 都是兼容性很好的選擇。
(2)單獨組分:也可以選擇單獨購買:熱啟動Taq DNA聚合酶、10× PCR緩沖液、dNTP混合物、MgCl?溶液。
2、引物
上游引物和下游引物:針對您目標基因特異性設計的寡核苷酸引物。通常使用濃度為10 μM的工作液。
3、模板DNA
可以是基因組DNA、cDNA、質粒DNA等,濃度和純度需根據實驗優化。
4、無菌無核酸酶水
用于補足反應體系體積。至關重要,必須確保無菌且無核酸酶污染,以防止降解和假陰性結果。
三、實驗流程簡要總結(以使用預混液為例)
1、在冰上配制反應體系(以下為25μL體系的常見比例):
2× PCR Master Mix:12.5 μL
上游引物(10 μM):1.0 μL
下游引物(10 μM):1.0 μL
模板DNA:X μL(通常10pg - 100ng,需優化)
無菌無核酸酶水:補足至 25 μL
2、輕柔混勻并短暫離心,確保所有液體收集在管底。
3、將PCR管/板放入Simpliamp儀器中,確保放置平穩。
4、在儀器控制面板或配套軟件上設置程序:
預變性:94-98°C,30秒 - 2分鐘。
循環(30-40次):
變性:94-98°C,10-30秒。
退火:在此設置梯度溫度(例如50°C - 65°C),這是Simpliamp梯度功能的關鍵應用,用于快速確定退火溫度。15-60秒。
延伸:72°C(對于Taq酶),每1kb延伸30-60秒。5-10分鐘。保溫:4-10°C。
5、啟動運行。
6、程序結束后,取出產物,進行后續的電泳或分析。
梯度功能:Simpliamp的核心優勢是可以在同一塊板/同一批管子上同時測試多個退火溫度。在設置時,您只需要在退火步驟設置一個溫度范圍,儀器會自動在加熱塊的不同列生成線性梯度。放置樣品時,請根據儀器說明書或屏幕提示,將樣品放在對應的列上。
清潔與維護:定期用70%乙醇擦拭熱蓋和樣品槽,防止污染。